能仁寺位于漣水縣城中山路西首，距淮安市-紀(jì)念館約30公里，南瀕碧波蕩漾的古黃河，東依風(fēng)光旖旎的漣漪湖，西臨通貫?zāi)媳钡膶庍B高速公路，昔日譽(yù)為“漣水八大景點(diǎn)”之一。能仁寺始稱“文殊院”，后改“承天寺”（又名“承天院”），宋仁宗時(shí)易名為“能仁教寺”，簡(jiǎn)稱“能仁寺”，此名一直沿用至今。該寺始建于唐初，距今至少有1300多年歷史；寺內(nèi)妙通塔，始建于公元1023年，至今已有980多年歷史。
據(jù)清雍正本《安東縣志》載：“妙通塔，在能仁寺內(nèi)，宋仁宗敕建，臥佛藏舍利處．．．．．．浮屠七級(jí)，皆磚石砌成，內(nèi)中并無(wú)寸木支柱。頂上望黃河如線，間放光明，照耀數(shù)十里，遠(yuǎn)近男婦皆見之，真法林之勝跡也?！绷?yè)?jù)康熙本《安東縣志》載：“能仁教寺，宋天圣元年敕建，舊名承天寺，即婁道者征道之所。祥符間賜額能仁寺，塔曰妙通，藏道者舍利?！笨梢姡?/p>
漣水妙通塔和能仁寺與一般塔、寺不同：一是由皇帝御賜名字和匾額，二是寶塔建筑結(jié)構(gòu)工藝奇特。這些，都與宋時(shí)高僧婁道者的因緣經(jīng)歷密切相關(guān)。
婁道者，姓婁，名守堅(jiān)，他自號(hào)“道者”，世人便稱其為“婁道者”，宋初漣水丁湖口（今漣水紅窯鎮(zhèn)朱樓村庵圩組）人。生于宋太祖建隆元年（960年），圓寂于宋真宗乾興元年（1022年）。據(jù)天啟元年《淮安府志》本、清康熙三十七年《安東縣志》本、《證因大師成道記》等載，婁守堅(jiān)出生時(shí)就有奇異征兆，因生性皮頑，“嬉笑無(wú)節(jié)，目大口方”，幼時(shí)即被鄉(xiāng)人稱為“彌勒佛”。少時(shí)隨父兄業(yè)漁，后被送承天寺為僧，通醫(yī)。在承天寺10多年-，能知人休咎，助人消災(zāi)，一時(shí)名聲大振，遠(yuǎn)播四方。祥符三年（1010年）五月朔，皇太子（即后來(lái)的宋仁宗）生，“晝夜啼，詔天下能止啼者”進(jìn)宮診治，漣水承天寺僧人婁道者應(yīng)詔，治好太子夜啼，真宗帝大喜，賜號(hào)“證因大師”，讓他回漣住持承天寺，并賜以御偈、金器等物，偈曰：“慧目朗然，燭天之秘。保朕皇儲(chǔ)，以克永世。號(hào)稱證因，恩光爾被?！?/p>
天禧五年(1021年)冬，泉州興化人方偕任漣水知軍，證因大師聞其不信佛事，便對(duì)徒弟說(shuō)：“緣盡矣?！彼煊谇d元年（1022年）正月十一日“側(cè)臥而化”(世人因此亦尊稱其為“臥佛”)，鄉(xiāng)人將其衣物葬于古黃河側(cè)岸，名“臥佛崗”。又在寺內(nèi)建小塔，將舍利藏于塔下。
宋仁宗天圣元年（1023年），仁宗誕日，太后語(yǔ)及止啼時(shí)事，仁宗便詔令道者，而此時(shí)道者已圓寂。仁宗感其恩，遂敕其家鄉(xiāng)漣水建塔，以藏臥佛舍利，賜名“妙通”，改“承天寺”為“能仁教寺”，并為道者加謚“蹈寶華如來(lái)”。
妙通塔與連云港阿育王塔同建于宋仁宗天圣元年（1023年），據(jù)民國(guó)時(shí)期留下的塔照及考證，其整體建筑遵循宋代《營(yíng)造法式》的規(guī)制，結(jié)構(gòu)嚴(yán)謹(jǐn)精巧，用材簡(jiǎn)潔合理，是中國(guó)傳統(tǒng)建筑的樓閣式，高60多米，七級(jí)八面，內(nèi)無(wú)寸木支柱，皆磚石砌成，巍峨雄偉，古樸凝重。地宮內(nèi)的八角形塔基與藻井，方形宮室以及仿木建筑的倚柱、斗拱等，都具有宋代的形制特征。其主體風(fēng)格與河南鄭州開元寺塔基、河北定縣靜志寺塔基相近，屬于宋代早期建筑。宋英宗治平四年（1067年），慶徽方將祖師證因的骨灰安葬于塔內(nèi)。
1998年6月，挖掘妙通塔地宮時(shí)出土的石碑碑文載：“敕賜承天院造塔記
皇宋治平四年歲次丁未甲辰月辛亥日安葬/祖師證因大師婁道者磚塔內(nèi)佛牙舍利具錄/宋朝宣賜金字牌院額事件等一奉兩朝/圣恩宣詔證因大師入內(nèi)供養(yǎng)一奉太宗皇帝淳化三年正月內(nèi)宣賜御制御書偈子一首/御制秘藏詮三十 卷御制逍遙詠一十一卷次遇/真宗皇帝于景德四年十一月內(nèi)宣賜御制御書偈子二首并在本院收管永為紀(jì)錄?！弊C因大師，兩次奉詔“入內(nèi)供養(yǎng)”，荼毗后，仁宗又為其建塔，并賜塔名和匾額。一個(gè)僧人，受到三朝皇帝如此尊崇，實(shí)屬罕見！
妙通古塔建成后，能仁寺亦整修一新，建有大雄寶殿、臥佛殿、韋馱殿、藏經(jīng)樓、觀音閣等，氣象雄闊，美輪美奐。由于妙通塔是皇家敕建，藏有高僧舍利，能仁寺也就成了蘇北一方著名的叢林，從宋到清，高僧云集，群賢畢至，梵音余裊，香火鼎盛。明清時(shí)期著名禪宗大師嵩乳道密、南庵大依等都曾在這里進(jìn)行過(guò)佛事活動(dòng)。蘇東坡、米南宮及歷代漕撫、知府等的游足絡(luò)繹不絕，文人墨客留下的詩(shī)詞歌賦不勝枚舉，如明朝詩(shī)人王啟運(yùn)《能仁寶塔》詩(shī)云：“中掛漣城半壁天，曉昏青鎖萬(wàn)家煙。西歸臥佛何時(shí)醒，百丈浮圖斗氣連。”
能仁寺跨越千載，歷盡無(wú)數(shù)磨難。民國(guó)時(shí)期，戰(zhàn)爭(zhēng)頻仍。1946年，內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)后，由師長(zhǎng)張靈甫指揮的-王牌軍整編第七十四師兩次攻打漣水城，粟裕領(lǐng)導(dǎo)的華中野戰(zhàn)軍，憑借南門外的古黃河大堤和能仁寺中的妙通塔，與其決戰(zhàn)二十多個(gè)晝夜，致使七十四師傷亡慘重。據(jù)說(shuō)張靈甫怪罪是妙通塔顯靈保佑了粟裕部隊(duì)，妙通塔因此名噪一時(shí)。根據(jù)長(zhǎng)篇小說(shuō)《紅日》改編的同名電影和電視劇，都有張靈甫在能仁寺妙通塔下留影的特寫鏡頭，給觀眾留下深刻印象。1948年7月，妙通塔不幸毀于兵燹，能仁寺也隨之消失。
1992年8月，漣水縣決定復(fù)建能仁寺、妙通塔。1998年6月，有關(guān)人員對(duì)妙通塔原址進(jìn)行勘探，在塔下發(fā)現(xiàn)地宮。地宮為正方形，長(zhǎng)寬約1.3米，高約2米。劵門朝南，高1.45米，寬0.5米，進(jìn)內(nèi)有七級(jí)踏步，里面三道拱門，最里一拱門只有0.536米高。地宮內(nèi)四周有角柱，頂部有八角藻井，井中央鑲有一面直徑約0.25米的蓮花紋銅鏡，上刻銘文“千秋萬(wàn)歲”。地宮北壁有供臺(tái)，臺(tái)上放置一石函，石函上雕刻有《高僧說(shuō)法圖》等精美圖案。石函內(nèi)隨葬有黃金鳳釵、水晶、瑪瑙和宋代青白瓷瓶、色彩斑斕的玻璃瓶及大量錢幣等。妙通塔地宮東側(cè)靠墻置造塔記碑一通，碑首題額“敕賜承天院造塔記”，碑上刻有碑文，清晰可辨。尤為珍貴的是，石函內(nèi)有銀槨，銀槨內(nèi)還放有一金棺，金棺內(nèi)放有佛牙、舍利。同時(shí)還發(fā)現(xiàn)一圓形銀盒，里面放有骨灰。據(jù)清理情況分析，銀盒內(nèi)的骨灰應(yīng)是證因大師的“生身舍利”，金棺內(nèi)的佛牙、舍利應(yīng)是“法身舍利”。海內(nèi)外媒體對(duì)此作了廣泛報(bào)道，引起轟動(dòng)。原全國(guó)政協(xié)副主席、中國(guó)佛教協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)趙樸初了解妙通塔出土文物的有關(guān)情況后，非常重視，住院期間欣然為“妙通塔”、“能仁寺”題寫了匾額。
妙通塔于1999年6月1日開工復(fù)建，2002年4月建成。復(fù)建的塔基直徑22米，塔高68.88米，塔總建筑面積1719平方米。地上七層，塔內(nèi)置佛像68尊；地下一層為地宮，面積400平方米，用于宋代珍貴文物的展出。
能仁寺，于2004年8月復(fù)建，2007年10月建成。占地48.8畝，總建筑面積9645平方米。建筑布局規(guī)整，左右對(duì)稱。主要建筑分布在中軸線上，由南至北，依次是天王殿、妙通塔、大雄寶殿、臥佛殿、藏經(jīng)樓、方丈樓。天王殿前是照壁，壁上嵌“慈航普渡”四個(gè)大字。山門（即天王殿正門）兩邊是能仁寺住持曙正法師親手題書的對(duì)聯(lián)：“童真入道安邦護(hù)國(guó)度群迷，菩薩化身輔正摧邪弘圣教”。門上方懸掛的“能仁寺”匾額，系已故中國(guó)佛協(xié)會(huì)長(zhǎng)趙樸初題寫。寺院內(nèi)，天王殿東側(cè)是鐘樓，西側(cè)是鼓樓。妙通塔東側(cè)有兩殿：南文殊殿，北觀音殿；西側(cè)有兩殿：南普賢殿，北地藏? ?。大雄寶殿東側(cè)是伽藍(lán)殿，西側(cè)是祖師殿。臥佛殿東側(cè)為興漣閣(系漣水縣佛協(xié)辦公處)。藏經(jīng)樓東側(cè)是法堂，西側(cè)是講堂。方丈樓東側(cè)是戒堂，西側(cè)是律堂。寺院內(nèi)西側(cè)有圍墻相隔的是生活區(qū)。