百塔寺位于終南山北麓長安區(qū)王莊鄉(xiāng)天子峪口，地勢高敞，視野遼闊。東眺五臺翠華，群峰聳立；西覽草堂煙霧，灃水碧濤；南依巍巍秦嶺，林木蔥郁；北視關(guān)中平原，沃野千里。正所謂龍脈龜背，風景絕佳，隋唐時期即為佛教僧侶修行之道場。
百塔寺始建于西晉太康二年(281)，原名淳化寺。隋開皇十四年(594)復(fù)建，稱至相道場。因三階教創(chuàng)始人信行禪師圓寂后葬于寺院附近，故又名信行禪師塔院。是隋、唐佛教三階教的祖庭。唐大歷六年771)改名為百塔寺。百塔寺在隋、唐時期盛極一時，規(guī)模巨大，殿宇宏偉，寺僧眾多，占地千畝，有“騎馬關(guān)山門”之美譽。宋時百塔寺之規(guī)模猶存。之后寺院不斷衰敗，到了明代時期百塔就所剩無幾了。
清同治元年(1862年)，南山一帶諸多寺院均毀于戰(zhàn)火，百塔寺亦未能幸免。民國初年，該寺殘墟猶存，規(guī)模已大不如前，只留下北門城樓(即山門)垣墻、古槐、照壁依然可觀。殘垣內(nèi)存殿堂三座，皆五開間，名禪興堂、德道堂、十方道場。寺院后有藏經(jīng)樓，另有僧舍六十余間，當時寺院住持為心開和尚。院內(nèi)外有唐槐四株，重達兩千余斤的鐵鑄古洪鐘一口，直徑四尺的黑鐵鍋兩口，枝繁葉茂的參天銀杏樹一株，寺西有方形五級磚塔一座，直插碧空，獨立終南。在寺之東南山下有塔院四十余畝，俗稱“尚人墓”，存大小石塔數(shù)十座。
民國三十年(1941)前后，國*民黨黃埔軍校第七分校駐扎在王曲曹村一帶。為了修建軍隊營房，將百塔寺大殿廟宇大多拆毀，法器什物搶劫一空，伐樹毀像，寺內(nèi)之古鐘、大鍋、名人壁畫、經(jīng)幢毀之凈盡，蕩然無存。
百塔寺自晉代開始即成為游覽勝地，歷代名人多有訪游。東晉王羲之在此寫過《心經(jīng)》石碑，碑現(xiàn)存西安碑林內(nèi)。北宋蘇軾游覽南五臺諸寺及草堂寺、太平峪時，曾止宿于此寺。明趙、清王弘度都作過《百塔寺》詩抒情詠懷。寺內(nèi)現(xiàn)存有刻于唐貞觀五年(631)的《化度寺故僧邕禪師舍利塔銘》，總章三年(670)的《道安禪師塔銘》及立于開元四年(716)的《太常協(xié)律裴公妻墓志》等碑銘。大殿后的銀杏樹，相傳為隋、唐時栽植，被稱為“中國第二銀杏樹”、“千年活化石”，高約30余米，樹冠達百余米，樹圍18余米，濃蔭覆蓋半個寺院。銀杏樹歷盡千年風霜，依然枝葉茂盛，長勢見旺，1998年西安市公布為重點保護文物。1999年日本三階教研究專家西本照真大師蒞臨百塔寺，稱贊說“此樹是三階教興衰的活見證”。最后一次修復(fù)百塔寺是在1986年，隆和老和尚帶領(lǐng)僧眾弟子，建起了現(xiàn)在規(guī)模的百塔寺。